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Text File  |  1995-03-04  |  1.9 KB  |  42 lines
  1. ***********************************
  2. * Bacterial rhodopsins signatures *
  3. ***********************************
  4.  
  5. Bacterial rhodopsins [1,2,3] are a family of retinal-containing proteins found
  6. in extremely  halophilic  bacteria which provide light-dependent ion transport
  7. and sensory functions for these organisms.   Bacterial rhodopsins are integral
  8. membrane proteins  with seven transmembrane regions.  The retinal choromophore
  9. is covalently  linked,  via  a  Schiff's base, to the epsilon-amino group of a
  10. conserved lysine residue in the middle of the last transmembrane helix (called
  11. helix  G). There are at least three types of bacterial rhodopsins:
  12.  
  13.  - Bacteriorhodopsin (bop), and archaerhodopsins 1 and 2,  light-driven proton
  14.    pumps.
  15.  - Halorhodopsin (hop), a light-driven chloride pump.
  16.  - Sensory rhodopsin (sop), which mediates  both  photoattractant (in the red)
  17.    and photophobic (in the near UV) responses.
  18.  
  19. We developed  two  patterns  which  allow  the specific detection of bacterial
  20. rhodopsins. The first  pattern  corresponds  to the third transmembrane region
  21. (called helix  C) and includes an arginine residue which seems involved in the
  22. release of  a  proteon from the Schiff's base to the extracellular medium. The
  23. second pattern includes the retinal binding lysine
  24.  
  25. -Consensus pattern: R-Y-x-[DT]-W-x-[LIVMF]-[ST]-T-P-[LIVM](3)
  26. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  27. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  28.  
  29. -Consensus pattern: [FY]-x-[FVG]-[LIVM]-D-[LIVM]-x-A-K-x(2)-[FY]
  30.                     [K is the retinal binding site]
  31. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  32. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  33.  
  34. -Last update: June 1994 / Patterns and text revised.
  35.  
  36. [ 1] Osterhelt D., Tittor J.
  37.      Trends Biochem. Sci. 14:57-61(1989).
  38. [ 2] Soppa J., Duschl J., Oesterhelt D.
  39.      J. Bacteriol. 175:2720-2726(1993).
  40. [ 3] Kuan G., Saier M.H. Jr.
  41.      Res. Microbiol. Submitted(1994).
  42.